No puede eliminarse, ya que es un elemento indisociable de la personalidad de cada variedad. El olor del queso es producto de la fermentación de la leche, que es un proceso de putrefacción controlada y limitada. Durante el mismo, las levaduras y las bacterias descomponen las grasas y las proteínas en moléculas de menor tamaño, muy olorosas y de intenso sabor.
La pestilencia de algunos quesos, en ciertos casos extrema, se debe pues a los microorganismos que se desarrollan tanto en el interior como en la corteza; estos les dan también su sabor peculiar. En general, los hechos con leche de cabra y de oveja huelen más fuerte que los de vaca.