En la fermentación butírica, el ácido láctico se transforma en ácido butírico, anhídrido carbónico e hidrógeno. El ácido butírico tiene un olor desagradable. El dióxido de carbono y el hidrógeno producen un fuerte hinchamiento del queso. Con el fin de prevenir la fermentación del ácido butírico, las esporas se pueden eliminar físicamente de la leche, ya sea por centrifugación o por filtración. También hay aditivos que impiden la germinación de esporas (por ejemplo, nitrato y lisozima). Estos componentes no se utilizan en Suiza. O bien se utiliza leche sin ensilado.
La fermentación del ácido butírico también puede producirse en la leche pasteurizada porque las esporas son resistentes al calor y no mueren con el proceso de pasteurización.