En caso del Emmentaler AOP, las bacterias del ácido propiónico son responsables de los agujeros del queso. Primero las bacterias del ácido láctico fermentan la lactosa transformándola, entre otros, en ácido láctico, como en cualquier otro queso. Las bacterias del ácido propiónico típicas del Emmentaler AOP fermentan a continuación el ácido láctico recién formado y lo transforman en ácido propiónico, ácido acético y dióxido de carbono (CO2), que forma los agujeros.
En el Appenzeller® o en el Tilsit, por ejemplo, hay bacterias ácido-lácticas heterofermentativas que fermentan la lactosa y la transforman en ácido láctico, etanol, ácido acético y dióxido de carbono. También puede fermentar ácido cítrico, liberando así más CO2.