El proceso de elaboración del queso de la Denominación de Origen Queso Palmero se inicia con el filtrado de la leche recién ordeñada e inmediatamente se procede a la coagulación. Para el cuajado se emplea cuajo natural de cabrito lactante. El tiempo de coagulación medio es de 45 minutos.
Queso Palmero con D.O.Una vez obtenida, la cuajada es sometida a cortes sucesivos hasta obtener un tamaño de grano pequeño, que facilita el desuerado y seguidamente se introduce en los moldes («aros», «empleitas» o «cáscaras»).
Una vez en los moldes la cuajada se prensa y se coloca sobre mallas plásticas, de cuadrícula menuda, para facilitar el desuerado. Es tradicional que aparezca impresa una marca con números y letras que identifican al ganadero y al municipio cumpliendo una ordenanza antigua de las islas.
A continuación se procede al salado. La salazón suele ser seca, utilizándose sal marina de las salinas de la isla.
El rendimiento quesero medio es de 5 a 6 litros de leche por kilo de queso.
Después del salado es frecuente el ahumado de las piezas de queso, obteniéndose el humo con distintos materiales vegetales, siendo los principales: cáscara de almendras, tunera y pino canario.
El Queso Palmero al ser un producto estacional, en los meses de máxima producción, cuando el mercado no absorbe todo el queso fresco, o bien en explotaciones aisladas, se procede a la maduración de los quesos en cuevas o cámaras acondicionadas. En este proceso, se suele untar con aceite de oliva o gofio o harina para proteger la corteza.