Originariamente el queso se elabora con leche cruda. Hoy en día, muchos tipos de quesos se elaboran con leche pasteurizada.
La leche para los quesos de leche cruda, como Emmentaler AOP, Gruyère AOP, Sbrinz AOP y otros tipos, se transforma en queso sin tratamiento térmico. De este modo, aún están activas las enzimas y las bacterias propias de la leche procedentes del medio natural. En la maduración del queso se hace evidente su presencia generando aromas que no están presentes en el queso pasteurizado. El queso de leche cruda adquiere un sabor más intenso con el paso del tiempo.
En el queso elaborado a partir de leche pasteurizada, la leche se calienta antes de la producción de queso a aproximadamente 75 °C y después se enfría de nuevo. De este modo se desactivan las enzimas de la leche y las bacterias naturales. Para la maduración del queso se utilizan aromatizantes especiales (bacterias). Los quesos elaborados con leche pasteurizada se consumen a menudo más jóvenes y tienen un sabor más suave que los quesos de leche cruda. Las variedades más conocidas son, por ejemplo, el Tilsiter verde, la mozzarella y la mayoría de los quesos blandos.