Desde fuera resulta muy difícil distinguir si el queso ha sido elaborado de forma convencional o ecológica (indicación en etiquetas y pasaporte del queso). Además, existen diversas etiquetas para la producción ecológica de productos agrícolas, que son comparables entre sí en cuanto a su contenido (por ejemplo, Knospe, Migros Bio, Demeter International).
Para la producción de queso, la receta no cambia, ya que no está permitido añadir colorantes en la pasta del queso. En la producción del queso suizo también se prescinde en ambos casos de ingredientes y aditivos modificados genéticamente. Sin embargo existen grandes diferencias en la producción de leche. Las vacas ecológicas, por ejemplo, disponen de más espacio en el establo y por ley pueden permanecer más tiempo pastando al aire libre que las otras vacas. En la producción de forraje no está permitido el uso de fertilizantes químicos y, en la alimentación, el pienso concentrado sólo se puede utilizarse como un suplemento alimenticio. Además, existen estrictas normas para el tratamiento médico de las vacas enfermas.
Conclusión: La producción de leche para el queso ecológico es más respetuosa con la tierra y los animales. Así se contribuye a la producción agrícola sostenible y a una alimentación sana. En cuanto al sabor y a la textura del queso, apenas existen diferencias.