Las bacterias, en general, se pueden clasificar en función al rango de temperatura en la que se desarrollan de forma eficaz. Según este criterio, los dividiríamos en:
«“ Psicrófílos: que se desarrollan a temperaturas de refrigeración.
«“ Mesófilas: que se desarrollan a temperaturas entre 20 y 35 ºC.
«“ Termófilas: que se desarrollan a temperaturas 35 y 50 ºC.
Los fermentos lácticos pertenecen a los grupos de los Mesófilos y Termófilos, en función del tipo de queso y proceso de elaboración.
Los fermentos lácticos se pueden clasificar a su vez en:
«“ Homofermentatívos: durante la fermentación producen gran cantidad de ácido láctico, como los lactococcus lactis y lactococcus cremoris ;del tipo Mesófilos.
«“ Heterofermentativos: Durante la fermentación no solo producen una pequeña cantidad de ácido láctico, si no que producen aromas, sabores y en ocasiones gas carbónico generando «ojos» en la masa del queso. Un ejemplo son las del genero diacetylactis (Mesófilas), o las propiónicas que se utilizan en la fermentación de los quesos con ojos de gran tamaño.
Otros microrganismos que se utilizan en la elaboración de queso son:
En el caso de los mohos, el género más utilizado es el penicillium. En la elaboración de quesos con moho blanco, como el Camembert, se usa el penicillium Candidum . A la hora de elaborar quesos con moho azul, como el Cabrales, se usa el P. Roqueforti. En el caso de cortezas naturales, podemos encontrar otros mohos como el P.Commune.
También están las levaduras, que se utilizan para estimular el crecimiento de otros microorganismos y se aplican en la superficie del queso dando un color «rojizo» y olores muy potentes a establo.